MOD管理ツールは幾つかリリースされていますが、この niunManager V が一番使い勝手が良く、簡単にMODの有効無効が出来るのでおすすめです。
使い方はというと、まず niunManager V の起動前に下準備が必要です。niunManager V.exe があるフォルダに新しくフォルダをつくり、その中に使用したいMODをいれます。フォルダの名前は中にいれたMODがわかるような名前を適当につけます。
次に、niunManager V を起動します。(初回起動時には GTA V のインストール場所の指定を求められます) Mods のタブのところに、先程作成したフォルダがありますので、左側にあるボタンで MOD の有効 (Enable) 無効 (Disable) の設定を行います。もし何もないようなら、下の方にある Reload ボタンを押して再読み込みせ表示させます。Enbale, Disbale ボタンの横にある Info ボタンを押すと、何が有効無効になっているかの詳しい情報を見る事ができます。右側には、その MOD の状態 (Enabled, Disabled) が表示されます。
また、MOD導入としての使用方法以外にも、元の状態に戻すツールとしても使えます。バックアップという名前のフォルダを作成して、その中に元のオリジナルに戻したいファイルをコピーします。元に戻したくなったら、バックアップのところを Enbaled の状態にすれば、元の状態に戻す事ができます。