Material Editor で変更した値を保存するには、
Tool → Preferences → General Settings
→ Source Control → Alien Brain Settings → Enabled
ここのチェックボックスを外す事で、設定値を変更した直後に自動保存がされる。(画像1参照) pakファイルにあるmtlファイル(錠前のアイコンがついている)は直接弄れないようなので、mtlファイルを抽出しておかないと自動保存にならない模様。
画像2にあるコンテキストメニューの Rename F2 は、実際には Save as... の動作と同じ。
d3d9_TripleBuffering=1 でトリプルバッファを有効にしているとviewportの描画がされなくなる場合があるようです。